Geboren 1949 in Berlin machte Matthias Faensen sein Abitur auf einem Humanistischen Gymnasium und studierte von 1969 bis 1980 an der Freien Universität Berlin Psychologie und Medizin. 1981 promovierte er an der medizinischen Fakultät. Bereits während des Studiums war er als Wissenschaftlicher Tutor am Psychologischen Institut der FU Berlin tätig und dann zwei Jahre als Wissenschaftlicher Mitarbeiter an der Psychiatrischen Klinik der Freien Universität Berlin. 1982 bis 1983 arbeitete er als Assistenzarzt in einem süddeutschen Kreiskrankenhaus auf der Chirurgischen Abteilung, dann wieder als Assistenzart auf einer Inneren Abteilung in Berlin.
1984 wechselte er in die Senatsverwaltung für Gesundheit und Soziales in Berlin, wo er als Medizinaldirektor das Krankenhausreferat leitete. Bis 1991 vertrat er das Land Berlin im Krankenhausausschuss der auf Bund-Länder-Ebene tätigen Arbeitsgemeinschaft der Leitenden Medizinalbeamten der Länder und war in Berlin für die Krankenhausbauplanung und Medizintechnik, für Grundsatzfragen des Betreibens von Krankenhäusern, Krankenhausaufsicht, Notfallmedizin, Katastrophen- und Zivilschutz zuständig.
Ab 1991 leitete er den Bereich Sozialmedizin und Krankenhausentwicklungsplanung in der GSD Gesellschaft für Systemforschung und Dienstleistungen im Gesundheitswesen mbH, war verantwortlich für die wissenschaftliche Begleitung des Modellprogramms „Förderung der Selbsthilfe in den neuen Bundesländern“ des Bundesministeriums für Familie und Senioren und erstellte ein Gutachten für das Bundesministerium für Familie und Senioren zur Fragestellung „Probleme der qualitativen Ausgestaltung der Pflegeleistungen im Rahmen einer Pflegeversicherung“. Seine Arbeitsgruppe erstellte eine Systemanalyse zur Einführung eines Klinikinformationssystems im Universitätsklinikum Rudolf Virchow in Berlin und eine Analyse aller bettenführenden Abteilungen und Funktionsbereiche der Charité zur Fragestellung ordnungs-behördlich relevanter baulicher, ausstattungsmäßiger und organisatorischer Mängel und Vorschläge zu deren Behebung.
Als Geschäftsführender Gesellschafter war er von 1992 bis 1995 in GDD Gesellschaft für Datenverarbei¬tung und Dienstleistungen im Gesundheitswesen mbH, Berlin, verantwortlich für die Integrierte Gesamtplanung für das Universitätsklinikum Rostock einschließlich der Berichterstattung an den Wissenschaftsrat und die Zielplanung für verschiedene Krankenhäuser in den neuen Bundesländern.
Ebenfalls als Geschäftsführender Gesellschafter der GFK Krankenhausmanagement GmbH, Teltow, (1993 bis 1995) führte er erfolgreich die Vertragsverhandlungen mit dem Freistaat Thüringen zur Privatisierung der Medizinischen Hochschule Erfurt und leitete den Betriebsübergang zur Klinikum Erfurt GmbH. Danach leitete er die Geschäftsführung der Klinikum Erfurt GmbH mit der Verantwortung für den Betriebsübergang, Neuordnung der Aufbau- und Ablauforganisation, Neubesetzung der Chefarztpositionen und Erstellung einer Zielplanung.
1995 übernahm er das Management des Gründerzentrums für Medizintechnik und Biotechnologie im Focus Mediport Berlin und baute als Geschäftsführender Gesellschafter der Mediport Venture GmbH, Berlin, drei Venture-Capital-Fonds für Unternehmensgründungen im Gesundheitswesen auf. Einige der Ausgründungen aus wissenschaftlichen Einrichtungen zur Produktentwicklung aus wissenschaftlichen Forschungsergebnissen wurden direkt von ihm gemanagt, wie die Berlin Heart AG, Berlin, (früher: Mediport Kardiotechnik GmbH), eine gemeinsame Gesellschaft mit dem Deutschen Herzzentrum Berlin zur Entwicklung und Produktion von extrakorporalen und implantierbaren Herz-Kreislaufsystemen, die er zunächst als Geschäftsführer, dann als Vorsitzender des Aufsichtsrates führte.
Dazu gehörte auch die Medical Enzymes AG, Berlin, die er vier Jahre lang als Vorsitzender des Aufsichtsrates führte, eine Gesellschaft, die innovative Wirkstoffe zur Krebsbekämpfung, die in der University of South Carolina entwickelt wurden, in die klinische Prüfung überführte.
Ab 2004 übernahm Matthias Faensen die Geschäftsführung der advita Pflegedienst GmbH, damals noch Hamburg, die er zum 1.1.2005 in Form eines Management-Buy-Outs erwarb.
Am 28.03.2007 wurde er zum Vorsitzenden der Landesgruppe Sachsen des bpa Bundesverband Privater Anbieter Sozialer Dienste e. V. gewählt.